แม่กับผัวใหม่เข้าใจว่า 'ลับแล' ลูกชายถูกผีเข้าสิงจึงจับตัวลูกส่งไปอยู่วัด เพื่อให้หลวงพ่อขับไล่ผี แต่ลูกชายกลับเล่าเรื่องราวทั้งหมดที่เกิดขึ้นกับครอบครัวให้หลวงพ่อฟัง ตั้งแต่เรื่องบรรพบุรุษจนกระทั่งเรื่องว่าเขาคือคนที่ฆ่า 'แก่งคอย' ซึ่งเป็นพี่ชายของเขาตายโดยผลักให้ตกหน้าผา

"ลับแล, แก่งคอย" หากนับว่าเป็นเรื่องจริงและเรื่องแต่ง โดยนักเขียนได้แบ่งโครงเรื่องของนิยายออกเป็น 5 ภาคคือ ภาคแรก - กำเนิดจากเรื่องเล่า, ภาคสอง - ประวัติศาสตร์ที่เริ่มสว่าง, ภาคสาม - ในป่าหิมพานต์, ภาคสี่ - ฌาปนกิจความจริง และภาคห้า - เถ้าอังคารของความลวง

"ลับแล, แก่งคอย" ยังจัดเป็นนวนิยายแนวอัตชีวประวัติที่ผู้อ่านยากจะคาดเดาได้ว่าเรื่องราวจะจบลงเช่นไร